Το Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 2001-2002, Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Διοίκηση Επιχειρήσεων, το οποίο απονέμει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης στη Διοίκηση Επιχειρήσεων-M.B.A. Το Πρόγραμμα διαρκεί τρία εξάμηνα και παρέχει τις ακόλουθες εξειδικεύσεις: Διοίκηση Επιχειρησιακών Λειτουργιών-Παραγωγής, Λογιστική-Ελεγκτική, Διοίκηση Ανθρώπινων Πόρων και Διοίκηση Μάρκετινγκ. Για την παρακολούθησή του προβλέπεται η καταβολή διδάκτρων ύψους 4.500 €, ενώ επίσης παρέχεται ένας σημαντικός αριθμός υποτροφιών, δωρεάν σίτιση, δυνατότητα δωρεάν στέγασης, πρακτικής άσκησης  και απασχόλησης σε ερευνητικά προγράμματα ή σε επικουρικό έργο έναντι αντιμισθίας.